多囊肾患者的个体差异性较大，其病程的长短与有无合并症密切相关。如患者有较多的合并症及进行性尿毒症时，其预后较差；而有的患者，虽有肾功能不全，但并无合并症，其病程进展缓慢，预后相对较好。故临床上对多囊肾合并症处理的好坏可成为决定预后的关键。本病出现临床症状的年龄越轻其预后越差。一般在症状出现后可存活10年左右，若不及时行治疗，平均死亡年龄约50岁。本病死亡的主要原因为肾功能衰竭、心力衰竭、颅内出血及肺部感染等。
    目前采用微化中药渗透疗法肾区渗透疗法，是治疗先天性多囊肾，较为有效疗法之一。临床治疗，可使尚存残余肾功能者慢慢重新恢复肾功能，从而阻断最后走向透析之路。

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